Molen Welgelegen werd gebouwd in 1849 door molenmaker W.F. Looman uit Deventer, in opdracht van molenaar H.H. Kok uit Almelo. Het is de enige overgebleven molen, uit een serie van zeventien, die sinds de vijftiende eeuw in Heerenveen gestaan hebben. De molen werd gebouwd als koren- en pelmolen. Molenaar Kok heeft niet lang in Heerenveen gewoond. Binnen een jaar werd de molen met het bijbehorende molenaarshuis alweer verkocht. In de navolgende jaren werd de molen meerdere malen verkocht en verhuurd. In 1872 werd Johannes Melis Tjepkema uit St. Jacobiparochie eigenaar en er brak een nieuwe tijd aan voor de molen. Voor het eerst was er een molenaar die een goede boterham kon verdienen. Tjepkema zou actief blijven tot 1920. Niet voor niets dat de molen bij de bewoners van Heerenveen bekend werd als ”Tjepkema`s molen” en nog steeds wordt deze naam in de volksmond gebruikt.
De molen kreeg last van windbelemmering door de groeiende bomen in de tuinen van de nabijgelegen woningen. In 1898 werd daarom besloten de stenen onderbouw met 5,50 meter te verhogen, tot een stellinghoogte van 10 meter. De aanzet van het metselwerk en de plaats waar de schoren eerst in de muren zaten is nog steeds duidelijk te zien. De molen had goed de wind in de zeilen en de eerste honderd jaar kon er weer met alle winden worden gemalen. Toen de molen in handen kwam van een sloper uit Leeuwarden heeft de vereniging ”de Hollandsche Molen” ervoor gezorgd dat de gemeente Aengwirden de eigenaar werd, om te voorkomen dat de molen afgebroken werd. Op 1 september 1931 werd de molen gekocht voor een bedrag van 1600 gulden. De molen deed daarna dienst als droogtoren voor de slangen van de brandweer en voor opslag van de plantsoenendienst.
Pas in 1974 kwam er verandering. Tijdens de Heerenveen-Een feesten zou de molen weer gaan draaien, waarvoor hij eerst door een molenmaker draaivaardig gemaakt werd. De molenaars waren erg enthousiast en na overleg met de gemeente werd begonnen met het herstel van het binnenwerk van de molen en werden plannen gemaakt om weer te kunnen malen. ”Stichting Molen Welgelegen” werd opgericht die een grote restauratie voorbereidde. Na deze ingrijpende aanpassing in 1990 is de molen weer maalvaardig. Het jaartal werd vastgelegd in het nieuwe rietdek op de romp van de molen.
Ook na deze restauratie bleven de molenaars werken om de molen in een betere staat te krijgen. Regelmatig werd onderhoud gepleegd en 10 jaar later werd de volgende restauratie een feit. Het wiekenkruis was aan vervanging toe en in verband met windbelemmering was, om door te kunnen malen, een ander wieksysteem nodig. De nieuwe roeden werden daarom voorzien van fokwieken in plaats van het bestaande oudhollandse wieksysteem.
In 2007 werd de Stichting Molen Welgelegen eigenaar van de molen.
Boekje “De sfeer van weleer”
In de molen is het boekje “ De sfeer van weleer” te koop uit 1991. Hierin beschrijft voormalig bestuurslid en archivaris Dick Bunskoeke in het kort de geschiedenis van alle Heerenveense windmolens en in het bijzonder die van Welgelegen.